Η πρώτη χαρτογραφική αναφορά του νησιωτικού αρχιπελάγους των Αζορών έγινε το 1427 και εξερευνήθηκε για τα επόμενα 25 χρόνια. Τα νησιά αυτά αποικήθηκαν από Πορτογάλους το 1444 και μαζί τους έφτασαν τα πρώτα μολοσσοειδή σκυλιά ιβηρικής και προβηγκιανής καταγωγής.

Ο Ποιμενικός Σάο Μιγκέλ κατάγεται από το νησί Σάο Μιγκέλ στις Αζόρες και από τις αρχές του 19ου αιώνα η ύπαρξη του έχει τεκμηριωθεί από τον μηχανικό Francisco Borges da Silva στη μελέτη του νησιού. Σε ένα κεφάλαιο για τη ζωολογία, ο συγγραφέας κατηγοριοποιεί τους γηγενείς σκύλους στις εξής πέντε ομάδες.
1. “Fila”. Ονομασία που προέρχεται από το ρήμα filar που σημαίνει πιάνω, αρπάζω. Οι σκύλοι που έπιαναν την λεία τους και δεν την άφηναν να φύγει ονομάστηκαν cão de fila (Cão στα πορτογαλικά σημαίνει σκύλος). Εκπρόσωπος της κατηγορίας ήταν το Μαστίφ της Τερσέιρας (Τerceira Mastiff) που πλέον έχει εξαφανιστεί και κατοικούσε στο ομώνυμο γειτονικό νησί.
2. “Podengos”. Ορολογία που αφορά λαγωνικά και μικρού έως μεσαίου μεγέθους κυνηγετικούς σκύλους, που αντιστοιχούν στους διάφορους τύπους πορτογαλικών Ποντένκο που γνωρίζουμε σήμερα.
3. “Rafeiros”. Γηγενείς σκύλοι με ποιμενικές ικανότητες που χρησιμοποιούνταν για την φύλαξη κοπαδιών και αγροκτημάτων .
4. “Ημίαιμα Fila”. Πρόκειται για διασταυρώσεις Fila με Podengos που είχαν ως αποτέλεσμα ικανότατους σκύλους στην φύλαξη αμπελιών και επαύλεων.
5. “Κυνηγοσκυλα”

Αν και η ακριβής προέλευση του Ποιμενικού Σάο Μιγκέλ είναι άγνωστη, οι περισσότεροι μελετητές της φυλής πιστεύουν ότι άμεσος πρόγονός του είναι το Μαστίφ της Τερσέιρας. Μολοσσοειδείς σκύλοι χρησιμοποιήθηκαν σε όλη τη Δυτική Ευρώπη για να την προστασία και τον χειρισμό βοοειδών. Οι μολοσσοειδείς τύποι της Πορτογαλίας ήταν ελαφρώς πιο μικρόσωμοι από τα περισσότερα μαστίφ και λιγότερο βραχυκέφαλοι (φυλές που έχουν κοντή μουσούδα και σχεδόν επίπεδο πρόσωπο). Η διασταύρωση αυτών των σκύλων οδήγησε τελικά σε νέους τύπους ποιμενικών σκύλων που σύντομα έγιναν πολύ γνωστά για την εξαιρετική τους δεξιότητα στη βοσκή, καθοδήγηση και φύλαξη βοοειδών.

Ένα πρότυπο φυλής για τον Ποιμενικό Σάο Μιγκέλ συστάθηκε και δημοσιεύτηκε για πρώτη φορά το 1984. Αυτό το πρότυπο αναγνωρίστηκε διεθνώς το 1995 από την Διεθνή Κυνολογική Ομοσπονδία (FCI), με την αγγλική ονομασία Saint Miguel Cattle Dog. Αν και περιγράφηκε (και χρησιμοποιήθηκε παλαιότερα) ως σκύλος βοοειδών, η φυλή είναι στην πραγματικότητα μαστίφ, και έτσι κατατάχθηκε από την FCI στην Ομάδα 2 ως Μολοσσοειδής φυλή.

Η φυλή είναι ευρέως γνωστή και χρησιμοποιείται για φύλαξη κοπαδιών στην πατρίδα της, αλλά παραμένει ακόμη σχετικά άγνωστη στον υπόλοιπο κόσμο.